进入朝鲜王朝时期之后，济州成为全罗道下辖的济州牧，由中央派遣牧使。济州牧使基于性理学思想推行体恤民生的王道政治。济州人在保持当地民间信仰的同时也开始接纳儒教思想和生活方式。然而朝鲜王朝贡纳繁重，大量征收柑橘、马匹和鲍鱼等土特产，这给济州人带来了沉重的负担；加之长达200年的禁止岛民出岛政策，放慢了济州的经济和文化发展。与此同时，到济州赴任的官吏、流配至此的学者以及因意外漂流与经验岛外世界的人们也为被禁锢在岛上的居民开阔了视野。